Los orígenes de Moralzarzal no están documentados antes del siglo XII, aunque algunos hallazgos en las inmediaciones (restos de fortificación, monedas y sepulturas) apuntan a un posible asentamiento anterior, de origen árabe. No se han encontrado, sin embargo, otros yacimientos arqueológicos anteriores que indiquen presencia humana estable en la zona.

Durante el Siglo XII, se formaron los primeros núcleos de población estables: el que daría lugar al actual Moralzarzal y el despoblado de Alameda, ambos surgidos probablemente con la repoblación cristiana de la sierra. Esta repoblación fue promovida sobre todo por los segovianos, en un contexto en el que la actividad ganadera era prioritaria debido a las continuas incursiones musulmanas que desincentivaban la agricultura.

En el Siglo XIII, la actividad ganadera y el aprovechamiento de los recursos forestales marcaron la economía local. Los conflictos entre madrileños (más interesados en el uso silvopastoril del territorio) y segovianos (que querían asentamientos estables) motivaron la intervención de la Corona. En 1247, Fernando III creó el Real de Manzanares como territorio de realengo, y fue su hijo, Alfonso X el Sabio, quien lo consolidó administrativamente, regulando los usos y nombrando un guarda mayor. Moralzarzal quedó incorporado a este realengo, mencionado más tarde como Fuente del Moral.

En 1287, durante el reinado de Sancho IV, una sentencia confirma la pertenencia de Moralzarzal al Real de Manzanares. Esta consolidación se ve reflejada más adelante en el Libro de la Montería de Alfonso XI (siglo XIV), donde se mencionan actividades cinegéticas en sus inmediaciones.

A finales del Siglo XIV, en 1383, se documenta un conflicto con Collado Villalba por el desplazamiento de mojones de demarcación territorial. Ese mismo año, Juan I de Castilla donó el Real de Manzanares a Pedro González de Mendoza, dando inicio al dominio nobiliario de la familia Mendoza sobre la zona.

En el Siglo XV, Juan II concedió el Real de Manzanares como señorío perpetuo a Íñigo López de Mendoza en 1436, con título de conde y plena jurisdicción. Este hecho consolidó el control de la familia Mendoza sobre Moralzarzal, como parte de sus dominios señoriales.

Durante e el Siglo XVI, se intensificaron las peticiones de autonomía de las aldeas del Real. En 1636, aunque ya en el siglo XVII, Moralzarzal obtuvo finalmente el título de villa, con jurisdicción propia. A finales del siglo, se construyó la iglesia parroquial de San Miguel Arcángel, en estilo renacentista, de la que dependía la iglesia de Cerceda.

En el Siglo XVII, la concesión del título de villa en 1636 quedó reflejada en una Real Ejecutoria de 1671. Desde entonces, Moralzarzal pudo nombrar su propio ayuntamiento y ejercer justicia local, evitando el desplazamiento a Manzanares. Conservó sus emblemas jurisdiccionales: horca, picota, cuchillo, cepo, grillo, etc.

En el Siglo XVIII, el Catastro de Ensenada de 1752 confirma que Moralzarzal seguía siendo una villa de señorío bajo los duques del Infantado. Tenía unos 100 vecinos, hospital, cirujano y escuela. Su economía era mixta: agricultura de subsistencia, ganadería y, sobre todo, una floreciente cantería, con canteras como las del Berrocal. Existían también prados y tierras comunales.

Durante el Siglo XIX, tras la abolición de los señoríos en 1812 por las Cortes de Cádiz, los vínculos señoriales con los Mendoza se disolvieron formalmente. En 1833, con la reforma territorial de Javier de Burgos, Moralzarzal pasó de pertenecer a la provincia de Guadalajara a integrarse en la de Madrid, quedando integrado en el partido judicial de Colmenar Viejo.

Durante el siglo, la población osciló entre 300 y 700 habitantes. La cantería siguió siendo el pilar económico, mientras que la ganadería y agricultura experimentaron altibajos. A finales del siglo se construyeron nuevas fuentes (1885 y 1888) y un nuevo cementerio (1898). Se consolidaron también las primeras ganaderías bravas, destacando la anécdota del torero Frascuelo, que regaló un reloj al pueblo por la fama del ganado local.

En el Siglo XX, la cantería y el transporte de piedra al ferrocarril seguían siendo fundamentales, aunque comenzaron a decaer en los años 60. La ganadería extensiva también fue cediendo terreno ante el auge urbanístico.

Desde los años 30 y especialmente tras la posguerra, se crearon numerosas colonias y urbanizaciones: Salud, Carmen, Peñazarzal, Olmosierra, Zarzaleda, Retamar, La Tejera, entre muchas otras. Se construyeron viviendas unifamiliares y chalets adosados en urbanizaciones de segunda residencia, muchas veces sin coherencia arquitectónica.

A lo largo del siglo, se llevaron a cabo mejoras como el consultorio municipal (1989), la reforma de la Plaza Mayor, la Casa de la Cultura, colegios públicos y un polideportivo cubierto. También se restauró la Casa Consistorial, donde se instaló como pieza de museo el antiguo reloj de Frascuelo.

En 1992 se revisaron las Normas Subsidiarias de Planeamiento, con objetivos de diversificación económica, protección del medio ambiente y contención del crecimiento urbano. Se propuso recalificar la dehesa para construir viviendas sociales, un instituto y equipamientos.

A principios del Siglo XXI, Moralzarzal consolidó su transformación en una localidad residencial. El crecimiento poblacional, la urbanización y el desarrollo de servicios desplazaron definitivamente a la agricultura y ganadería tradicionales. Muchas urbanizaciones se integraron ya como parte del casco urbano ampliado, y las infraestructuras culturales, deportivas y educativas continuaron fortaleciéndose.