Aunque no se conservan restos evidentes de ocupación humana en la zona de Nuevo Baztán anteriores a su fundación, los alrededores del valle del Henares y los parajes del este madrileño muestran indicios de actividad agrícola y pastoril en la Edad del Bronce. Las vegas próximas al Tajuña, fértiles y transitadas, pudieron albergar pasos o asentamientos efímeros de pueblos íberos y carpetanos. Con la romanización, la red de calzadas y villas rústicas se expandió por el sudeste madrileño, aunque la zona concreta que hoy ocupa Nuevo Baztán permaneció probablemente como terreno de labor disperso o monte bajo, vinculado a núcleos más antiguos como Olmeda de las Fuentes o Villar del Olmo.

En el Siglo XI durante el avance cristiano sobre tierras musulmanas en la segunda mitad del siglo XI, este territorio formaba parte de la Marca Media, una franja de frontera con escasa población estable. Las campañas castellanas de Alfonso VI permitieron la consolidación del Reino de Toledo, y el territorio que más tarde sería Nuevo Baztán quedó bajo dominio cristiano. Aun así, se trataba de tierras yermas o poco aprovechadas, reservadas al pasto y la rotación trashumante más que a la vida urbana.

Durante el Siglo XII, las repoblaciones promovidas por el concejo de Alcalá y la orden de Calatrava al este del río Henares se extendieron también a esta comarca, que continuaba siendo marginal y escasamente habitada. Las aldeas cercanas consolidaban sus términos y propiedades, mientras las tierras futuras de Nuevo Baztán quedaban como dehesas comunales o realengas sin fundación estable.

En el Siglo XIII bajo el reinado de Fernando III y Alfonso X, la zona se mantenía como parte de las tierras de realengo del alfoz de Alcalá. No obstante, el protagonismo de estos campos era aún inexistente. Los caminos que los cruzaban tenían carácter secundario y estaban más ligados al tránsito ganadero que al comercio estable o a la fundación de núcleos urbanos.

Durante el Siglo XIV la sequía y las guerras internas redujeron la ya escasa población de estos parajes. Los dominios señoriales se expandían en la comarca, pero no hay pruebas de que el área concreta de Nuevo Baztán estuviera organizada más allá de las heredades rústicas o el aprovechamiento ganadero.

Hacia finales del Siglo XV, con los Reyes Católicos ya en el trono, se inicia un proceso de control más directo de los caminos y de reorganización de los señoríos. El futuro emplazamiento de Nuevo Baztán seguía siendo monte bajo, sin núcleo urbano definido, aunque posiblemente con alguna casa de labor o ventorro aislado. El territorio quedaría englobado más tarde en la jurisdicción del señorío de Olmeda o de Valverde.

Durante el Siglo XVI el auge agrícola impulsado por la monarquía de los Austrias trajo consigo una mejora en las roturaciones y cultivos de secano. Las tierras que más tarde albergarán Nuevo Baztán fueron poco a poco utilizadas para cereal y viña, pero sin transformarse aún en población estable. Los caminos que enlazaban Alcalá con Mondéjar o Carabaña, aunque secundarios, empezaban a mostrar mayor tránsito. El clima era propicio, pero la fundación urbana aún no se vislumbraba.

Durante el reinado de los últimos Austrias en el Siglo XVII, el despoblamiento de Castilla y la crisis general dejaron huella también en esta zona. Sin embargo, sería en las postrimerías del siglo cuando un personaje singular cambiaría su destino: Juan de Goyeneche, navarro de origen, editor de la Gaceta de Madrid y financiero de la corte borbónica, adquirió los terrenos con el propósito de crear un centro industrial autosuficiente y modelo ilustrado de ordenación urbana. Ya hacia 1695, el proyecto comenzaba a tomar forma.

El Siglo XVIII marca el nacimiento y esplendor de Nuevo Baztán. En 1709, Goyeneche funda oficialmente la localidad, inspirándose en los ideales del urbanismo barroco y la ilustración francesa. El nombre es un homenaje a su tierra natal, el valle navarro del Baztán. Para diseñar el conjunto, encarga el proyecto al arquitecto José de Churriguera, quien erige un núcleo simétrico presidido por la iglesia de San Francisco Javier —patrono del pueblo y también navarro—, el palacio y un conjunto de viviendas racionales destinadas a albergar a los obreros y técnicos de las fábricas.

La villa fue concebida como ciudad industrial autosuficiente, con factorías de paños, papel, vidrio, jabones y aguardientes. Se instalaron talleres, almacenes y hornos, todo ello regido desde el palacio de Goyeneche. Su modelo atrajo a trabajadores de otras regiones, revitalizando la zona y ejemplificando el espíritu ilustrado del reformismo borbónico. Sin embargo, tras la muerte del fundador en 1735, el proyecto empezó a decaer y las fábricas cesaron su actividad progresivamente.

A lo largo del Siglo XIX, la villa perdió su carácter industrial pero mantuvo la estructura urbana. Durante la Guerra de la Independencia, las tropas napoleónicas ocuparon la zona y dejaron huellas de destrucción. La abolición de los señoríos por las Cortes de Cádiz en 1812 y las sucesivas desamortizaciones —especialmente la de Madoz en 1855— afectaron a las propiedades de la familia Goyeneche, que pasó a manos privadas.

En 1833, con la reforma territorial de Javier de Burgos, Nuevo Baztán pasó a formar parte de la provincia de Madrid y quedó adscrito al partido judicial de Alcalá de Henares. En esta época se consolidó como pueblo agrícola de secano, con viviendas adaptadas a la estructura original barroca y una notable herencia patrimonial.

Durante el Siglo XX, Nuevo Baztán vivió una larga etapa de estancamiento rural, aunque conservó su singularidad arquitectónica. En los años 1940 y 1950 se realizaron reparaciones en la iglesia y el palacio. A partir de los años 1970 y sobre todo en la década de 1990, comenzó un proceso de urbanización creciente, con la aparición de urbanizaciones residenciales.

En 1941, el conjunto histórico fue declarado Bien de Interés Cultural, lo que permitió su conservación como ejemplo único del urbanismo ilustrado. El crecimiento urbanístico del entorno no logró desdibujar el corazón histórico barroco, que comenzó a recibir atención turística y cultural.

En el Siglo XXI, Nuevo Baztán se ha consolidado como uno de los conjuntos monumentales más interesantes del barroco madrileño. El palacio e iglesia de Goyeneche son visitados por turistas, escolares e investigadores. La villa ha recibido múltiples reconocimientos por su singularidad histórica y urbanística.

Hoy, con cerca de 7.400 habitantes y un perfil cada vez más residencial, mantiene viva la memoria de aquel experimento urbano que soñó con unir industria, fe y progreso en mitad de Castilla.