El origen de Valdaracete se pierde en el tiempo debido a la falta de estudios arqueológicos en la zona. Sin embargo, los hallazgos en municipios vecinos sugieren que la región estuvo habitada desde tiempos prehistóricos. No hay constancia de asentamientos permanentes en Valdaracete hasta época medieval, aunque algunos relatos del siglo XIX mencionan el hallazgo de sepulturas cubiertas con losas en 1214, lo que ha llevado a algunos cronistas a especular sobre una posible ocupación islámica en la zona.

El primer gran hito en la historia de Valdaracete fue la conquista de Toledo por Alfonso VI en 1085, lo que trajo consigo la ocupación cristiana de toda la ribera del Tajo. Sin embargo, esta victoria no se tradujo en una repoblación inmediata, ya que la zona quedó vulnerable a incursiones musulmanas procedentes de fortalezas como Uclés, Oreja y Alcalá. La situación permaneció inestable hasta que Alfonso VII logró tomar Oreja en 1139, asegurando con ello la línea defensiva en el Tajo.

A finales del siglo XII, Alfonso VIII confió la defensa de la zona a la Orden de Santiago. En 1171, la recién creada Orden recibió el castillo de Oreja junto con varias aldeas, entre ellas Valdaracete, como parte de una estrategia para contener los ataques almohades. Aunque la fecha exacta de la fundación de Valdaracete es desconocida, se sabe que ya existía en 1194, cuando se menciona junto a Fuensaúco en los registros de la Orden de Santiago. Ambos lugares quedaron integrados en la Encomienda de Estremera.

La ubicación estratégica de Valdaracete, cerca de rutas comerciales y con acceso a recursos naturales como la sal de Belinchón, convirtió a la villa en un punto de interés tanto para la Orden de Santiago como para el Arzobispado de Toledo, lo que provocó múltiples disputas por el control de tierras y derechos de explotación. En 1180, el arzobispado y la Orden se enfrentaron en varios litigios sobre los territorios de Oreja, Alarilla y Villarejo, así como los situados entre el Tajo y el Tajuña. En la mayoría de los casos, los fallos favorecieron a la Orden de Santiago, que consolidó su dominio en la región.

En el siglo XIII para evitar más conflictos, en 1277 se estableció una jurisdicción especial conocida como "hermandad y concordia" entre el Arzobispado y la Orden de Santiago. Este pacto garantizaba la mediación en disputas y la administración conjunta de los pueblos a ambos lados del Tajuña. Como parte de este acuerdo, se establecieron jueces en Carabaña y Valdaracete, encargados de resolver los pleitos en la comarca.

En el siglo XIV en 1328, el maestre de la Orden de Santiago, Vasco Rodríguez, tomó una decisión clave para el futuro de la zona al conceder carta de población y el castillo de Fuentidueña a 45 vecinos, con la posibilidad de ampliar el número hasta 60. Esto atrajo habitantes de Valdaracete, Fuensaúco y Morata, lo que afectó a la demografía de Valdaracete, aunque en esa época contaba con aproximadamente 300 vecinos, una cifra considerable para la época.

En el siglo XV los registros santiaguistas de 1480 mencionan la existencia de un concejo en Valdaracete, con una iglesia bajo la advocación de San Juan. Se trataba de un templo bien cuidado pero con escasos recursos económicos. La administración del pueblo se repartía entre el Arzobispado de Toledo y la Orden de Santiago, que controlaban las rentas del pan, vino y ganado. También se hace referencia a la existencia de un hospital bajo la advocación de San Juan Evangelista, destinado a indigentes, lo que refleja un cierto nivel de organización y bienestar social.

A finales del siglo XV, la influencia de la Orden de Santiago comenzó a declinar. Tras la guerra sucesoria entre Isabel la Católica y Juana la Beltraneja, los Reyes Católicos asumieron el control de las órdenes militares. En 1499, Fernando el Católico fue nombrado maestre de la Orden de Santiago, eliminando su autonomía y sometiéndola al poder real. En 1523, el papa Adriano VI confirmó esta vinculación a la Corona, lo que transformó la administración de Valdaracete y sus alrededores.

Durante el siglo XVI, la influencia de la Orden de Santiago disminuyó en favor de la nobleza. En 1560, Valdaracete y Estremera fueron vendidas a Francisco de Mendoza Vargas, quien más tarde las cedió a Ruy Gómez de Silva, duque de Pastrana y príncipe de Éboli. En esta época, Valdaracete quedó bajo el control de la Casa de Pastrana. En 1580, las Relaciones Topográficas de Felipe II describen a Valdaracete como un pueblo antiguo, administrado desde Pastrana y vinculado al Arzobispado de Toledo. El censo reflejaba 400 casas y una población en crecimiento, favorecida por la expansión de la agricultura y el comercio de productos como el zumaque, utilizado para el curtido de pieles.

Sin embargo, el siglo XVII trajo consigo una crisis demográfica y económica. La población se redujo por guerras, epidemias y malas cosechas. La peste de 1648 y la Guerra de Sucesión Española (1701-1715) afectaron gravemente a la villa. Durante este último conflicto, las tropas del archiduque Carlos de Austria saquearon Valdaracete, destruyendo iglesias y robando provisiones.

A mediados del siglo XVIII, con la llegada de los Borbones, la situación mejoró. El Catastro del Marqués de la Ensenada (1752) documenta la actividad agrícola y ganadera de Valdaracete, destacando el cultivo de cereales, viñedos y olivos. También menciona la existencia de molinos de aceite y fábricas de zumaque. La villa estaba bajo el dominio de la duquesa del Infantado, heredera de los Pastrana.

El siglo XIX trajo consigo importantes cambios administrativos. En 1833, con la nueva división territorial de Javier de Burgos, Valdaracete pasó a formar parte de la provincia de Madrid, integrándose en el partido judicial de Chinchón. La desamortización de Mendizábal (1836) tuvo poco impacto en la villa, ya que solo se vendieron ocho fincas. La economía continuó basándose en la agricultura, destacando el cultivo de zumaque y la espartería, así como la producción de aceite y harina.

En 1888, la villa contaba con 384 vecinos y 1.293 habitantes, aunque el número de familias pobres aumentó considerablemente. La precariedad en las viviendas y la falta de infraestructuras reflejaban la crisis del siglo XIX.

A principios del siglo XX, Valdaracete experimentó una leve recuperación. En 1910, el censo registró 1.393 habitantes y en 1928, 1.450. Sin embargo, la Guerra Civil Española (1936-1939) dejó estragos en la localidad. Durante el conflicto, se construyó el ferrocarril de los 40 días, que atravesó la zona, pero fue desmantelado en 1940. En la posguerra, la localidad sufrió un fuerte retroceso. En 1960, la población era de 1.319 habitantes, pero la emigración hacia Madrid redujo esta cifra a 906 en 1975 y 737 en 1986. La mecanización agrícola y la falta de industrias agravaron la crisis económica.

En el siglo XXI, Valdaracete ha experimentado un aumento en las segundas residencias, pero la despoblación sigue siendo un desafío. En 2004, el padrón registraba 621 habitantes, reflejando un cambio en el modelo económico y social.