Aunque no se han documentado restos arqueológicos del Paleolítico o la Edad del Bronce en el actual término de Quijorna, su territorio formaba parte de un entorno natural favorable para la vida humana desde tiempos remotos, dada su cercanía a los cursos del Perales y del arroyo Palomero. Los primeros vestigios concretos hallados en la zona corresponden a época romana: monedas, cerámicas y dos estelas funerarias localizadas en el paraje del Coto de la Cepilla, al sur del municipio. Las inscripciones latinas dedicadas a los dioses Manes evidencian la existencia de un pequeño núcleo poblacional vinculado probablemente a alguna villa rural, quizá bajo la órbita de Mantua Carpetana, ciudad romana situada en la actual Villamanta.

Durante el Siglo XI, el territorio de Quijorna estaba en la frontera entre los reinos cristianos del norte y al-Ándalus. Aunque no hay documentos concretos, se presume que la zona fue objeto de transiciones y escaramuzas propias de esta etapa de frontera. Algunos autores apuntan a un posible asentamiento de origen árabe en el cerro del Castillejo, ya en el actual término de Valdemorillo, donde se hallaron restos de construcciones y sepulturas visibles aún en el siglo XIX.

A lo largo del Siglo XII, el avance repoblador cristiano se consolidó hacia el sur. La comarca en la que se encuentra Quijorna fue incorporada progresivamente a los dominios castellanos, y comenzó a estructurarse dentro de la Comunidad de Villa y Tierra de Segovia, concretamente en el sexmo de Casarrubios. Se establecieron pequeños núcleos rurales que aprovechaban las tierras fértiles y los recursos ganaderos del entorno.

No hay mención documental directa a Quijorna del Siglo XIII, aunque su consolidación como aldea dependiente de Segovia parece evidente. El entramado de concejos segovianos en la zona ya estaba bien definido, y Quijorna y Perales de Milla figuraban como entidades organizadas en torno a la agricultura y la trashumancia.

La primera referencia explícita a Quijorna aparece en el Siglo XIV, en el Libro de la Montería de Alfonso XI (1330-1350), que menciona el caserío como punto de referencia para la organización de cacerías de jabalíes en la zona. Esta mención confirma la existencia de una comunidad estable a mediados del siglo XIV.

Durante el Siglo XV, según las Relaciones Topográficas de Felipe II, Quijorna habría sido fundada hacia 1430, en el marco de la repoblación castellana de la comarca. En 1480, los Reyes Católicos concedieron el señorío de Chinchón a Andrés Cabrera y Beatriz de Bobadilla, incluyendo en él Quijorna y otros pueblos del sexmo de Casarrubios. La Comunidad de Ciudad y Tierra de Segovia litigó la posesión de estos pueblos durante más de un siglo, hasta que en 1592 se resolvió el conflicto a favor del conde de Chinchón, tras el pago de compensaciones.

En el Siglo XVI, dentro de las Relaciones Topográficas de 1579, Quijorna aparece como una villa agrícola, productora de pan y vino, y dedicada a la cría de ganado lanar. El agua se obtenía de pozos y fuentes, y se molía el grano en molinos sobre los ríos Perales y Alberche. La villa tenía una iglesia, hospital pobre y varias ermitas. En esta época ya estaba integrada en la provincia de Madrid y seguía siendo un señorío, con cargos municipales designados por el conde de Chinchón.

El Siglo XVII, fue una época de declive demográfico y económico. Las epidemias y la falta de recursos provocaron un descenso en la población. La agricultura y ganadería continuaban siendo las actividades principales, pero los recursos naturales, como el monte de encina, estaban muy degradados. La parroquia dependía del arzobispado de Toledo.

En el Siglo XVIII, según el Catastro de Ensenada de 1751, Quijorna contaba con unos 60 vecinos, y su economía se basaba en el cultivo de cereales, legumbres, viñas, olivos y apicultura. Había dos molinos de aceite (uno del Monasterio del Escorial) y varios hornos de cal de excelente calidad. El ganado era escaso y el monte del Frontal estaba muy deteriorado. Las construcciones eran de una planta, con materiales tradicionales. La Descripción Lorenzana califica al pueblo como "muy enfermo" debido a las frecuentes fiebres.

Durante el Siglo XIX, con la abolición de los señoríos por las Cortes de Cádiz en 1812, Quijorna quedó liberada del dominio feudal. En la reforma territorial de Javier de Burgos de 1833, se integró en la provincia de Madrid, dentro del partido judicial de Navalcarnero. La vecina Perales de Milla quedó incorporada definitivamente a Quijorna cuando Villanueva de Perales obtuvo ayuntamiento propio en 1820. Las desamortizaciones afectaron mínimamente al clero (60 ha.) y algo más al común (267 ha.), sin modificar los usos agrícolas. A lo largo del siglo, Quijorna mantuvo su perfil rural, con censos fluctuantes y construcciones modestas, pero se dotó de escuela, iglesia, posadas y otros servicios básicos.

A comienzos del Siglo XX, Quijorna sufría un estancamiento demográfico. La Guerra Civil, y en especial la batalla de Brunete de julio de 1937, supuso la destrucción casi total del casco urbano. En 1940, la Dirección General de Regiones Devastadas proyectó un nuevo trazado urbanístico que no llegó a realizarse. A partir de 1942, se optó por reorganizar el pueblo sobre su antiguo emplazamiento. En los años cuarenta se construyeron nuevas viviendas en la calle Navalagamella, algunas plazas, y se reconstruyeron la iglesia y el ayuntamiento. A pesar de estas mejoras, el pueblo mantuvo su carácter agrícola. Hacia 1955 ya se observaba cierta recuperación demográfica, aunque el peso de la agricultura y ganadería fue decayendo progresivamente.

Durante las primeras décadas del Siglo XXI, Quijorna ha vivido una transformación urbana y demográfica. El número de residencias secundarias ha aumentado considerablemente, especialmente en urbanizaciones como El Olivar, La Charneca y El Camposanto. Las actividades tradicionales han perdido peso frente al sector servicios y la construcción. El Plan General de 1995 propuso integrar las nuevas urbanizaciones en la trama del casco histórico y transformar el entorno del arroyo en parque lineal. Hoy, Quijorna es un municipio que combina su identidad rural con funciones residenciales y de servicios en el suroeste de Madrid.